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Avec l'évolution de l'architecture navale et des méthodes de travail, la forme n° 1 ne répondait plus aux exigences du marché. Les travaux qui se sont échelonnés de décembre 2006 à août 2009 ont entre autre, consisté en un élargissement de 7 m sur une longueur de 180 m – ceci tout en conservant certains éléments datant de sa construction, comme le pavement à l'ancienne, en l'implantation d'une fosse à sonar permettant l'accueil des navires offshore, scientifiques et militaires.
Par ailleurs, l'ensemble des réseaux, qu'ils soient d'eau ou d'électricité, ont été rénovés dans le souci très actuel de développement durable.
De plus, un nouveau système de halage sur rails a été installé ainsi qu'une nouvelle grue de 56 m, d'une puissance de 20 tonnes.
Les travaux d'un montant de 12,8 M€, plus 5,8 M€ pour les infrastructures, ont été financés par la Région Bretagne, le département du Finistère, l'Union européenne, Brest métropole Océane, la CCI de Brest et l'État.