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La République de Saint-Malo a duré 4 ans du 11 mars 1590 jusqu'en 1594. L'indépendance a été proclamée vis-à-vis de la France dans une époque de grande prospérité liée aux grandes découvertes. C'est probablement à cette République que l'on doit les devises officieuses de la ville, « Ni Français, ni Breton, Malouin suis. », et la plus répandue « Malouin d'abord, Breton ensuite... et Français s'il en reste qu’un ». Quand Henri de Navarre, chef du parti protestant, devient l’héritier légitime du trône de France en 1562 , la Bretagne passe progressivement dans le camp de la Ligue catholique.

Les habitants de Saint-Malo s’organisent alors pour préserver leurs intérêts économiques. Ville fortifiée et épiscopale, siège d’un grand évêché s’étendant jusqu’à Ploërmel, elle est aussi une ville commerçante tournée vers la mer et les marchands sont des personnes riches et influentes.

Les Malouins élisent en 1585 douze conservateurs, futur Conseil de la République de Saint-Malo. Quand Henri III est assassiné, en 1589, les Malouins refusent de reconnaître le nouveau roi, Henri IV, et se retrouvent en conflit avec le gouverneur royaliste de Saint-Malo. Henri IV se rapprochant de Saint-Malo, le gouverneur de Fontaines annonce son intention de lui ouvrir les portes de la ville. La rupture est complète. Les principaux notables de la ville montent donc un plan pour s’emparer du château, où réside le gouverneur. Le château protège la cité malouine mais sert aussi à la contrôler. L’assaut, au cours duquel périt le gouverneur, est effectué dans la nuit du 11 au 12 mars 1590. C’est le début de la république de Saint-Malo.

Le Conseil prend dès lors toutes les dispositions pour s’autogouverner, jusqu’à l’accession d’un roi catholique. Il élit le procureur-syndic Jean Picot de la Gicquelay « chef et président du Conseil au gouvernement de la ville et château » de Saint-Malo. Progressivement, Saint-Malo met en place tous les traits de la souveraineté, le Conseil s’accaparant des domaines que l’on dirait aujourd’hui « régaliens » comme la défense, les relations extérieures, les finances, la police, la justice ou encore le commerce.

Dès fin mars 1590, s’élabore même une véritable politique extérieure autonome. Le négoce avec les partisans du roi est interdit. Les cités de Morlaix, Lannion, Saint-Brieuc et Roscoff reçoivent au contraire la visite d’un député malouin, chargé de les informer du changement politique et de les assurer de la poursuite des relations habituelles. Au niveau international par contre, Saint-Malo veille à préserver de bonnes relations commerciales avec l’Angleterre, la république des Provinces-Unies et la Ligue hanséatique, les prévenant du changement politique à Saint-Malo, mais les rassurant sur leur volonté de maintenir la liberté de commerce malgré les divergences religieuses.

Si Saint-Malo ne reconnaît pas Henri IV, elle ne reconnaît pas non plus l’autorité du duc de Mercœur, et ne lui ouvrira jamais les portes de la cité. Les Malouins, ne voulant dépendre de personne, délèguent un député auprès du duc de Mayenne, chef de la Ligue en France, de même qu’auprès du roi d’Espagne faisant « jouer la concurrence ».

Si Saint-Malo privilégie la diplomatie, elle constitue également une puissante force militaire, possédant une des meilleures flottes de l’époque. Saint-Malo parvient ainsi à préserver les intérêts commerciaux des puissantes familles commerçantes qui dominent le Conseil. Tout au long de la période, le commerce est florissant, ce qui contraste avec la crise que traverse le reste de la Bretagne. Saint-Malo devient un véritable entrepôt où viennent s’entasser munitions, armes, toiles, quincaillerie et même oranges ! Alors qu’ailleurs en Bretagne on peine à se ravitailler et la famine menace, les denrées sont à profusion dans la République.

Le 25 juillet 1593, Henri IV se convertit au catholicisme. S’étant juré de s’autogouverner pendant l’interrègne en attendant que « Dieu ait donné un roi catholique à la France », le Conseil autonome perd sa raison d'exister. Le 1er avril 1594, l’assemblée de ville nomme une délégation pour discuter avec le roi, dans la perspective de rentrer dans le giron français. Après des mois de négociations, le roi accède au final à la plupart des demandes malouines, ce qui aboutit à l’édit de Réduction, qu’il signe le 4 octobre 1594. C’est la fin de la république de Saint-Malo.